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SMART | 单细胞 RNA 测序
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k8凯发生物官网 www.jmhda.com 新官网消息 单细胞 RNA 测序科研服务来了

SMART-seq

仪器平台

2012 年,由美国和瑞典的科学家共同开发了称为 Smart-Seq(Switching mechanism at 5’end of the RNA transcript)的技术 [1]。在 2013 年,Nature Methods 杂志上报告了新的方案,被称为 Smart-Seq2[2],随后在 2014 年他们有公布了详细的操作流程 [3]。获取单细胞并裂解细胞后,含有 oligo-dT 的引物与 mRNA 的 poly- A 结合,逆转录酶 MMLV 进行逆转录,逆转录酶到达 mRNA 5’末端时,MMLV 的末端转移酶活性会在一链 cDNA 的 3'末端增加额外的胞嘧啶,这时 TSO 引物 3' 末端的 rGrG+ G 结合到首链末端的胞嘧啶,然后以首链 cDNA 为模版进行延伸合成互补的第二链,全长 cDNA 经过 PCR 扩增后进一步进行测序文库的构建。

技术原理

k8凯发生物单细胞 RNA 测序服务 SMART-seq2 技术原理


▲SMART-seq2 技术原理

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伯豪优势

1、起始量低:1 个细胞起始,适用于难以满足 10X Genomics 等平台起始细胞量要求的样本。

2、覆盖度高: 测序覆盖 cDNA 的全长序列,每个细胞能够获得上万个基因的表达。

3、信息个性化: 除了获得基因表达信息,数据能够用于可变剪接,cSNP 等分析,以及带 poly- A 结构的 lncRNA 研究。

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技术参数

文库结构

单细胞 RNA 测序 SMART-seq2 文库结构

图 SMART-seq2 文库示意图

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建议测序深度及参数

指标

参数

测序深度

6Gb/cell

测序类型

PE150

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样本要求

1、类型:新鲜组织,原代细胞,细胞系等。

2、来源:血液提取、磁珠富集、流式富集、组织解离等。

3、样本量:单个细胞(或微量细胞)。

4、保存运输:细胞放入 SMART-seq 试剂盒指定的裂解液中,-80°C 保存,干冰运输。


电子资料

序号 文件类型 查阅
1 【画册】单细胞全长转录本测序解决方案 点击查看
2 【画册】石蜡样本(FFPE)单细胞转录组测序解决方案 点击查看
3 【画册】单细胞测序解决方案 点击查看